Fondata nel 1660 dal letterato Bartolomeo Campi, coadiuvato dall'illustre giureconsulto Marcantonio Savelli, quando Modigliana era città del Granducato di Toscana, questa istituzione dapprima fu denominata "Accademia dei Pastori del Marzeno", indi "Accademia degli Incamminati". 

Dopo una lunga crisi, che risaliva al 1720 circa, il 27 ottobre 1755 l'Accademia, grazie alla iniziativa dello storico modiglianese Gabriele Sacchini, padre cappuccino, venne ricostituita secondo nuove regole statutarie chiamate "Costituzioni". 

Il Rescritto 24 aprile 1795 del Granduca Ferdinando I di Lorena (confermato da Leopoldo II il 17 agosto 1825) la elevò a "Imperiale e Reale Accademia", ma nel 1857 il corpo accademico fu sospeso dalle funzioni per interventi orali e atteggiamenti favorevoli all'unità d'Italia, nonché per il rifiuto ad introdurre la censura sui discorsi scritti per le tornate. 

Allontanatosi il Granduca da Firenze, nell'attesa del plebiscito, il Governo Provvisorio Toscano, con proprio decreto del 13 dicembre 1859 dichiarò l'Accademia modiglianese "riabilitata nella pienezza dei suoi diritti". Successivamente, il Governo Nazionale con nota 18 luglio1861 la classificò "Regia Accademia degli Incamminati". 

Infine, cessata l'attività nel 1925 con l'avvento dell'Istituto fascista di cultura, l'Accademia poté riprendere l'impegno culturale, plurisecolare soltanto nel 1946 col ritorno della democrazia e la proclamazione della Repubblica.

Nel 1961 fu eletto Presidente il dott. Gilberto Bernabei, alto dirigente ministeriale, poi Consigliere di Stato e Sindaco di Modigliana. Questi assunse importanti iniziative fra cui quella di istituire una tornata accademica annuale nel corso della quale, di volta in volta, venivano presentati e dibattuti temi che esulavano dal ristretto ambito locale per affrontare problemi d'interesse nazionale, grazie all'intervento di studiosi di ampia stima e notorietà.

L'attività degli Incamminati ricevette così un notevole impulso, accentuato ulteriormente con l'On. Pier Ferdinando Casini, Presidente effettivo dal 1990 al 1997, e oggi Presidente d'Onore, e con l'Avv. Natale Graziani, Presidente in carica dal 1997. Dopo le dimissioni di N. Graziani, dal 2005 è stato presidente il Cav. Lav. Dott. Antonio Patuelli, sostituito provvisoriamente dall'Avv. Giancallisto Mazzolini. 

Nell' Assemblea del 9 giugno 2014 è stato conferito l'incarico  di Presidente  al Prof. Venerino Poletti.